La primera etapa del concurso corresponde a la presentación de Propuestas de Centros Milenio (nuevos o de continuidad en el caso de los Institutos y renovación en el caso de los Núcleos), según los requisitos publicados en las bases de postulación. Existen distintos requisitos para Propuestas nuevas y de continuidad/renovación.

Después de la evaluación de las Propuestas de Centros nuevos y de continuidad/renovación, el Comité de Programa realiza una selección de las propuestas que pasarán a la segunda etapa.

Habiendo cumplido los requisitos indicados en las bases del concurso, las propuestas de Centros Milenio, nuevos y de continuidad/renovación, seleccionados deberán pasar por el proceso de entrevista y presentación oral, realizada por el Comité de Programa, la que se llevará a cabo en idioma inglés.

Se procederá a seleccionar a los Centros Milenio adjudicados y a firmar los convenios de financiamiento, a ejecutar la propuesta y finalmente a terminar la ejecución del convenio. Estas etapas son comunes tanto para los centros nuevos como para los de continuidad/renovación.