Instituto Milenio Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso, CINV

Instituto Milenio de Astrofísica, MAS

Instituto Milenio en Inmunología en Inmunoterapia, IMII

Instituto Milenio de Neurociencia Biomédica, BNI

Instituto Milenio de Oceanografía, IMO

Instituto Milenio de Biología Integrativa, Ibio

Instituto Milenio de Investigación en Óptica, MIRO

Instituto Milenio en Socio-ecología Costera, SECOS

Instituto Milenio de Física Subatómica en la Frontera de Altas Energías, SAPHIR

Núcleo Milenio de Formación Planetaria

Núcleo Milenio de Ecología y Manejo Sustentable de Islas Oceánicas, Esmoi

Núcleo Milenio Centro para el Estudio de Forzantes Múltiples sobre Sistemas Socio-Ecológicos, Musels

Núcleo Milenio Trazadores de Metales, NMTM

Núcleo Milenio Modelos Estocásticos de Sistemas Complejos y Desordenados

Núcleo Milenio Física de la Materia Activa

Núcleo Milenio de Materiales Multifuncionales para la Ciencia Aplicada de Superficies, Multimat

Núcleo Milenio de Enfermedades asociadas a Canales Iónicos, MiNICAD

Núcleo Milenio de Salmónidos Invasores, INVASAL

Núcleo Milenio El ciclo sísmico a lo largo de zonas de subducción, CYCLO

Núcleo Milenio Comprendiendo el sistema de Surgencia Costera, Ambientes Locales y Efectos Duraderos, UPWELL

Núcleo Milenio para la Ecología y la Conservación de los Ecosistemas de Arrecifes Mesofóticos Templados, NUTME

Nucleo Milenio en Tecnología e Investigación Transversal para Explorar Agujeros Negros Supermasivos, TITANS

Núcleo Milenio para el Estudio del Dolor, MiNuSPain

Nucleo Milenio para Aplicaciones de Control y Problemas Inversos