Instituto Milenio Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso, CINV
Instituto Milenio de Astrofísica, MAS
Instituto Milenio en Inmunología en Inmunoterapia, IMII
Instituto Milenio de Neurociencia Biomédica, BNI
Instituto Milenio de Oceanografía, IMO
Instituto Milenio de Biología Integrativa, Ibio
Instituto Milenio de Investigación en Óptica, MIRO
Instituto Milenio para la Investigación en Depresión y Personalidad, Midap
Instituto Milenio para la Investigación en Imperfecciones del Mercado y Políticas Públicas, MIPP
Núcleo Milenio de Formación Planetaria
Núcleo Milenio de Ecología y Manejo Sustentable de Islas Oceánicas, Esmoi
Núcleo Milenio Centro para el Estudio de Forzantes Múltiples sobre Sistemas Socio-Ecológicos, Musels
Núcleo Milenio Trazadores de Metales, NMTM
Núcleo Milenio Modelos Estocásticos de Sistemas Complejos y Desordenados
Núcleo Milenio Física de la Materia Activa
Núcleo Milenio de Materiales Multifuncionales para la Ciencia Aplicada de Superficies, Multimat
Núcleo Milenio de Enfermedades asociadas a Canales Iónicos, MiNICAD
Núcleo Milenio de Salmónidos Invasores, INVASAL
Núcleo Milenio El ciclo sísmico a lo largo de zonas de subducción, CYCLO
Núcleo Milenio Centro para el Impacto Socioeconómico de las Políticas Ambientales, Cesiep
Núcleo Milenio de Investigación sobre Energía y Sociedad, Numies
Núcleo Milenio para Mejorar la Salud mental de Adolescentes y Jóvenes, Imhay
