Los llamados a concursos de proyectos de Institutos y Núcleos Milenio tienen dos propósitos: la creación de nuevos centros de investigación de excelencia y la renovación competitiva de aquellos que terminan su primer período de ejecución.

Los principales criterios para evaluar los proyectos son:

• Excelencia académica y científica del proyecto y de sus investigadores.
• Objetivos y el enfoque del plan de investigación.
• Calidad técnica y metodológica del proyecto.
• Transdisciplinariedad y trabajo asociativo entre los investigadores y colaboraciones externas del proyecto.
• Capacidad de formación de investigadores jóvenes.
• Proyección institucional.
• Costo total y las fuentes complementarias públicas o privadas de financiamiento.
• Condiciones generales para que se logren los propósitos del proyecto.